李自成入驻紫禁城之后，生活和统治方式发生了一些变化。他封宫女窦美仪为妃，并且在占领初期，命令军队不得伤害平民和掠夺财物妇女，维持了一段时间的京城秩序稳定，许多店铺仍然正常营业。
然而，从三月二十七日开始，大顺军开始拷打和掠夺明朝官员的财产，规定了不同级别的官员需缴纳的“助饷”数额。刘宗敏制作了大量的夹棍，用来施加酷刑。这种行为导致了城中的恐慌气氛日益加重，人心惶惶。农民军对官员的拷打极其残忍，许多人因此死亡。据谈迁《枣林杂俎》记载，有超过1600人在这一过程中丧生。
随着时间的推移，大顺军在占领区内设立官署处理政务，首要任务就是追缴官员的财产。例如，在城固县，农民军采用酷刑逼迫官员缴纳财产；在汾阳，他们搜刮富户，强迫他们缴纳钱财；在绛州，士大夫遭受酷刑；在宣化，权将军下令征敛绅士和富裕家庭的财产，手段极为残忍。
四月十四日，西长安街上出现了一份告示，声称明朝的气数未尽，人们应当效忠明朝，定于四月二十日立东宫太子为皇帝，改元“义兴元年”。然而，这一计划并未实现。十三日，李自成亲自率领十万大军前往山海关征讨吴三桂，留守北京的是李岩、刘亮和李侔。
据《明季北略》记载，李自成进入北京后，从宫中搜出了大量的金银财宝，其中包括内帑银三千七百万锭、金一千万锭，以及永乐年间积累的未使用的镇库金三千七百万锭，每锭重达五百两，并刻有“永乐”字样。
八、退出京师
李自成进入北京后，为了解决明朝残余势力，多次尝试招降山海关总兵吴三桂，但未能成功。顺治元年（1644年）四月二十一日，李自成与吴三桂在一片石战役中展开激战。战斗持续到四月二十二日，吴军逐渐难以支撑。在这种情况下，吴三桂选择了投降清朝摄政王多尔衮，与清军联手对抗李自成。在两军的联合进攻下，李自成的军队遭受重创，主将刘宗敏受伤，李自成被迫下令撤退。四月二十六日，李自成逃回京城，只剩下大约三万余人。
永昌元年（1644年）四月二十九日，李自成在北京称帝，但愤怒之下杀害了吴三桂在京的家人共34口。次日，李自成带领军队逃往西安，从山西和河南两路撤退。在离开北京之前，李自成下令焚烧了紫禁城和其他一些北京的建筑物。七月，李自成渡过黄河，败归西安，不久之后放弃了西安，经由蓝田、商州，走武关方向撤退。
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由于南明弘光帝朝廷的建立和大顺军的节节败退，许多原先投降大顺的明朝将领开始复投南明或清朝，这让李自成产生了越来越多的疑虑。最终，李自成错误地杀害了李岩等人，这一举动导致了人心的进一步离散。
顺治元年（大顺永昌元年，1644年）十月，清军攻陷了太原，并随即分兵南下晋东南。大顺军在长治的守将刘忠无法抵挡清军的攻势，被迫率领部队撤入河南。至此，山西省内仅剩下西南一角仍为大顺军所控制，李自成在山西的防线基本崩溃。十月下旬，清军兵分两路攻打陕西，一路由英亲王阿济格率领吴三桂、尚可喜等军从大同向榆林进军，随后从陕北南下西安；另一路由豫亲王多铎率领孔有德、耿仲明等部从河南怀庆攻击潼关。李自成得到消息后，急忙率领军队增援潼关。十二月，清军进攻潼关，大顺军列阵迎战，刘宗敏率部先战不利。
九、流亡覆灭
顺治二年（大顺永昌二年，1645年）正月初四日，刘芳亮率领大顺军出战，但遭遇挫折。随后，李自成亲自率领骑兵和步兵进行反击，但再次被清军击败。初五、初六两日夜间，大顺军连续袭击清军营地，但均未取得胜利。初九日，清军的红衣大炮运抵前线，逼近潼关。大顺军挖掘深壕，筑起坚固的防御工事，试图阻挡清军的进攻。十一日，清军首先使用红衣大炮轰击大顺军阵地，随后发起大规模进攻，成功突破了大顺军的防线。尽管大顺军奋力抵抗，使用骑兵反击，并试图从侧翼包抄清军，但最终还是未能扭转战局。与此同时，北路清军由阿济格率领，从山西保德州渡过黄河，进入陕北，围攻榆林。经过十三天的激战，潼关最终失守。面对清军的两路夹击，李自成意识到陕西的失守已不可避免，被迫放弃西安，经由蓝田、商州，走武关，撤退到襄阳，声称计划夺取南京，从水陆两路推进。
三月，大顺军击败了南明将领左良玉，占领了武昌，并计划乘船东下，夺取东南作为抗清的基地。然而，大顺军尚未做好充分准备，清军就已经分水陆两路突然袭击而来。李自成只得仓促放弃武昌，向东南方向前进。四月，清军在湖北阳新、江西九江接连击败大顺军，切断了他们向东的退路。意识到东进已不可能，李自成转而向西南方向进军，准备穿过江西进入湖南。
五月初，大顺军到达湖北九宫山麓时，李自成率领轻骑20余人登山探路，却不幸被当地民兵武装姜大眼杀害。李自成的尸体被秘密埋葬。李自成战死后，大顺军悲痛万分，立即对九宫山区进行报复性的打击。《明史》也记载，李自成死于湖北通山。
结语
李自成的一生是明末乱世的缩影，他的兴起和失败都反映了当时社会的深层次问题。作为一个农民起义领袖，李自成不仅展现了超凡的军事才能，还提出了顺应民心的政策主张。尽管最终未能建立一个稳固的政权，但他所倡导的平等理念以及对腐败的批判，在今天依然具有重要的现实意义。