到了九月份，额勒登保在云雾山歼灭了阮正漋。然而，到了十一月，王登廷、徐天德、冉天元及樊人杰联合起来反抗，双方在巴州何家院、东君坝等地进行了多次激战。额勒登保指挥杨遇春和穆克登布从两侧发起猛烈攻击，但穆克登布因轻敌而遭受重大损失。尽管如此，额勒登保坚持战斗，最终迫使教匪撤退。王登廷则在南江被乡团擒获。
额勒登保实事求是地报告了战斗情况，赢得了皇帝对其诚实态度的赞赏。然而，由于川北地区的严密防守，一些 教 匪开始向陕西和甘肃方向逃窜。额勒登保请求将四川事务交给魁伦和德楞泰处理，自己则带 病 前往陕西支援。
四、赴陕追剿
嘉庆五年（1800年），随着教匪势力在四川的增长，尤其是冉天元的队伍不断壮大，他们趁着魁伦刚刚接手事务之际，强行渡过了嘉陵江，造成了朱射斗战死的严重后果。不久之后，潼河防线也被突破，整个四川地区陷入了动荡之中。面对这一紧急情况，朝廷下达了逮捕魁伦的命令，并重新调整了指挥体系，命令勒保与德楞泰共同负责四川的剿匪工作，而额勒登保和那彦成则专注于陕西地区的战斗。
此时，那彦成已经在陇山和伏羌地区击败了南山的残余教匪，德楞泰也在成县追击王廷诏和杨开甲。额勒登保抵达陕西后，决定让德楞泰返回川西，自己则与那彦成分工合作，分别封锁教匪进入四川和向北逃窜的道路。在这一阶段，杨遇春和穆克登布在岷州击败了张天伦，而庆成等人则在洮河战胜了张世龙。王廷诏和杨开甲联手进攻大营，但被成功击退，官军随即分兵追击。主力部队转向高天升和马学礼进行打击，连续取得胜利。教匪越过渭河北逃，额勒登保在巩昌和岷州分别拦截了他们的去路，迫使他们重新回到了渭河南岸。张世龙等人则转向秦州，意图通过北栈道。
为了应对这一局势，额勒登保留下了那彦成追击高天升和马学礼，自己则率领杨遇春和岱森保返回陕西，并命令王文雄及索费英阿等将领分别扼守南北栈道。在此之前，张汉潮已被明亮消灭，但其残余力量仍在陕西活动，并重新集结了力量。张世龙和张天伦被官军驱赶至滇安，集中在汉北山区，向东蔓延至商州和洛南，使得局势再度紧张。朝廷对此严厉问责，并召回了那彦成。
闰四月，额勒登保率杨遇春在商州、洛南及两岔河地区接连击败了教匪，并命令杨遇春扼守龙驹寨，防止教匪侵入河南。教匪被迫回窜，并留下后卫部队牵制官军。官军在洵阳大、小、中溪连续突破了教匪防线，并在溪口设伏，共擒斩三千余名教匪，其中包括蓝号头目刘允恭和刘开玉。至此，张汉潮的残余势力基本被肃清，额勒登保因此被晋封为三等子爵。
然而，杨开甲、辛聪、张世龙、张天伦、伍金柱、戴仕杰等人仍然向西逃窜。五月，额勒登保命令杨遇春等将领在汉阴手扳崖追击伍金柱，并在战斗中击毙了庞洪胜等头目。接着，官军在洋县茅坪进攻杨开甲等人的部队。教匪据守山顶，企图诱使官军出击，但遭到了伏击，最终杨开甲被当场斩首。
六月，教匪窜入甘肃徽县和两当县，其中蓝号头目陈杰试图偷越栈道，但被成功抓获。八月，杨遇春在成县斩杀了伍金柱，并在两当县击毙了宋麻子，教匪再次回窜至陕西境内。额勒登保在奏折中陈述了教匪行踪不定、时分时合的特点，并指出官军在追击过程中容易受到牵制，稍有不慎便可能落入圈套。他还提出了增加剿匪兵力、利用乡勇进行防御，并督促各地加快修筑寨堡以阻止 教 匪 掳掠的建议。皇帝对此给予了慰勉，并明确了剿捕和防堵的责任分配。在教匪逼近武关时，额勒登保及时截击，迫使他们撤退。
五、战功赫赫
嘉庆六年（1801年），额勒登保继续在陕西和四川一带指挥作战，以剿灭教匪为主要任务。这一年春天，他上奏朝廷建议设立宁陕镇作为南山地区的屏障，这一提议得到了批准并得以实施。宁陕镇的设立对于稳固南山防线起到了关键作用。
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二月份，额勒登保的部下杨遇春在川陕交界的鞍子沟成功擒获了王廷诏，并在宁羌的龙洞溪捉拿了高天德和马学礼三位顽固分子。这三位教匪头目都是极其凶悍的角色，他们的落网极大地震慑了其他教匪。为此，朝廷特别晋升额勒登保为二等子，并恢复了他双眼花翎的荣誉。
当时，仍然活跃在各地的主要教匪头目还包括陕西的冉学胜和伍怀志、湖北的徐天德和苟文明，以及四川的樊人杰、冉天泗和王士虎等。四月份，额勒登保在渭河南岸对冉学胜展开追剿，并将其逼入汉南地区，迫使他逃往平利。与此同时，张天伦集结了五路教匪屯集于洵阳的高塘岭和刘家河，额勒登保命令杨遇春出击，成功将这股势力击溃。
五月，穆克登布在秦岭成功擒获了伍怀志。到了七月，杨遇春在通江的报晓垭擒获了冉天泗和王士虎。而徐天德和冉学胜则被其他部队歼灭。然而，新的威胁随之而来，姚之富的儿子姚馨佐以及白号的高见奇、辛斗等人开始在宁羌地区作乱。额勒登保指挥各路将领进行追剿，将这些 教 匪 逼入了川北地区。
九月份，总兵杨芳等人在通江捉拿了辛斗。到了十月，丰伸和桑吉斯塔尔在达州擒获了高见奇。随着李元受和老教首阎天明等教匪头目的相继投降，教匪的势力进一步衰落。额勒登保向朝廷呈上了详细的搜捕事宜报告，得到了高度肯定，并被晋封为三等伯。
然而，教匪并未完全消失。十一月，苟文明集合了各路残匪窜入阶州，并再次裹挟了不少民众加入，然后回窜至广元和通江。额勒登保迅速反应，在十二月份的瓦山溪之战中击败了苟文明的部队，迫使苟文明逃往开县的大宁地区。
六、克敌制胜