在白天，金声桓当着众人的面将万元吉的使者杖责，以示忠诚于清朝。然而到了深夜，他却又秘密地邀请使者前来，殷勤款待，并最终放回赣州。这一举动让人不禁感到疑惑，究竟是什么让金声桓如此纠结？
顺治三年（1646 年）八月，隆武帝在长汀被清军俘虏后绝食自杀。原隆武朝的一些官吏纷纷逃离福建来到南昌。这些人虽然知道金声桓有反清的意图，但同时也看到他滥杀复明人士，所以将隆武帝赐予的空白劄印藏匿起来等待时机。后来，他们通过金声桓和王得仁身边的人暗中散播谣言称隆武帝仍然在世，这才明白金声桓迟迟没有举起复明旗帜的真正原因——隆武帝没有给他封官。
于是，他们向金声桓展示了劄印，并表示隆武帝屡次有手诏，如果金声桓能带领江西归顺明朝，就会授予他公爵或侯爵，金声桓听后喜不自禁。第二年秋天，又有人将两方篆有镇江侯、维新伯字样的玉印面呈给金声桓，假称这是隆武帝所赐（实际上这时隆武帝已经绝食自尽了），而金声桓并不知道这个情况，反而对他人假借隆武帝的名义深信不疑，最终决定恢复明朝，对抗清朝。
顺治五年（公元 1648 年）正月，清廷任命的官员章于天突然率领着数十名骑兵前往瑞州。这个突如其来的行动让当地的将领们心生疑虑，尤其是王得仁，他担心章于天前往瑞州，是联合那里的清军共同对付他们。
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在紧张的氛围下，金声桓毅然决然地宣称：“我生来就是明朝之人，死后也是明朝之鬼，绝不敢有其他志向！”
正月二十七日夜晚，金声桓和王得仁号令全军，下令关闭城门，严密包围巡按官署。迅速绞杀了包括江西巡抚董学成在内的清廷官员。随后，向各营传达命令，要求所有将士剪掉辫子，换上汉服。正式打出了反清起义的大旗。
湖南的何腾蛟听说金声桓举义后，立刻派人前往江西南昌，将金声桓封为豫国公，并授予他总督南、浙、江、闽四省的大权，可以便宜行事。同时，还封王得仁为建武侯。明朝大臣姜曰广则被封为大学士。
金声桓在得到册封之后，立即发布告示安抚百姓，表示自己愿意与人民共同努力，恢复大明江山。同时，他还将年号改为隆武四年，以表明对隆武帝的忠诚和支持。然而，此时金声桓却不知道隆武帝已经去世。
后来，金声桓终于得知隆武帝已逝的消息，而且连隆武帝的弟弟绍武帝也已经驾崩。面对这样的情况，金声桓决定打出永历帝的旗号，以此来继续抗击清朝。于是，他将年号改为永历二年。
金声桓归附明朝后，对外宣称自己拥有二十万大军，这一举动使得整个江南地区都为之震动。清朝总督马国柱急忙向朝廷上疏报告称：“金声桓已经攻陷了多个郡县，还抢劫了大量船只，并声称将要顺着长江东下，窥视江南地区。恳请朝廷速速派遣大批军队前来剿灭他们。”
就在同一年的二月份，王得仁成功攻占了九江。这时，有谋士胡澹提出了一个建议：“如果我们能够趁着现在势如破竹的气势，换上清军的旗号和服装，顺江而下，然后散布消息说章巡抚请求救援，那么江南必定会打开城门迎接我们。到那时，江南的将领、官吏以及文武官员都可以轻易被我们擒拿。接着，我们就可以更换旗帜，公布新的年号，祭祀并告慰皇陵，同时迅速传檄文到山东。这样一来，中原地区必然会闻声响应。”