蓝莓学园篇，基本上就是校园生活，期间会有等离子团的事件。
由于设定上，麦克和等离子团没有见过，所以不但没有反应，反而因为听不下去等离子队的话，给人家揍了一顿，还骂了起来，还拿自己举例子，表示你们简直是扯淡，要是真的有那个心，应该反对大量买进宝可梦的自己。
等离子队人都懵了，自己人怎么打自己人了，很长一段时间没有出场，同时接下来就是普普通通的校园生活。
之后就是一段学园生活，竹兰和嘉德丽雅会来参观蓝莓学园，希洛教竹兰波导，嘉德丽雅期间超能力暴走，最后是麦克给嘉德丽雅打晕了收尾。
娜姿正好回来，嘉德丽雅拜娜姿为师，开始学习超能力。
接下来就来到了北上乡情节，蓝莓学园来的最早，希洛和麦克一起去走月月熊剧情。
小青也会来，小青的队伍是晴天队，带的是朱神，主要是电场队与晴天队比起来有些抽象，很难在通关流程中构成队伍。
这里设定的是小青才获得第一个道馆徽章，因此实力不是很强，而且根据这个时间线，除了妮莫，牡丹和派帕估计来不了夏令营。
到时候还会邀请关都和城都地区的学校来，阿杏是关都学园的学生，琴音、克丽丝和阿速是城都学园的学生。
让阿速来当学生，主要是阿速能和阿杏吵起来，说明两人岁数差不多，可能长的有些着急，显得成熟一些。
设定里，蓝莓学园来的早，小春只见到了丹瑜和乌栗，希洛和麦克在走月月熊剧情，希洛收服月月熊，麦克收服一开始就出现的阿利多斯。
接下来是宝伴剧情，三宝伴陆续被收服，丹瑜收服吉雉鸡，麦克收服够赞狗，阿杏收服愿增猿，希洛骑着蜈蚣王，完成打鬼祭，拿到异色小卡比兽，将其送给琉璃。
厄鬼椪是归小青的，好歹是朱紫主角，一个DLC宝可梦没有也太惨了，好歹得有一只啊，毕竟太乐巴戈斯小青是不会收服的，特性与晴天队冲突了。
夏令营结束后，乌栗的话，倒是没有黑化，希洛期间给乌栗做思想工作了，而且希洛回来的时候，赤松也是排到蓝莓学园第10名，主要是受到伊莎贝的部分指导。
顺带说一下，乌栗在这段期间收服一只捣蛋小妖，就是在蓝莓联盟冠军战的长毛巨魔。
又是一段校园生活，后来是交换生情节，希洛先是成为交换生，去橘子学园，这段是和麦克、丹瑜、白蕾雅一起去帕底亚考察环境，为蓝莓学园能够太晶化做准备。
同时会与小青接触，一起打朱紫剧情，星尘★之路主要是这里设定的是各位老大的宝可梦队伍都是二周目阵容，且天星队车都是统一的50级。传说之路的话，全部宝主宝可梦都是50级。
丹瑜期间收服一只迷你龙，这只迷你龙是乌栗在蓝莓联盟冠军战的那只快龙，丹瑜收服后，就送给了乌栗，希洛也是成为了冠军级训练家。
期间赤松成功打进蓝莓学园第5名，开始对战，最后艰难的击败了道格拉斯，却被纳莉击败，赤松被打败，止步于排名第四。
最后就是第零区剧情，不过是有些区别，设定上是密勒顿将故勒顿打跑的，两个博士是一起全没了，导致第零区有古代种有未来种。
希洛收服一些未来种，小青收服一些古代种，然后走剧情，这次是希洛与小青同时打弗图和奥琳，小青打弗图，希洛打奥琳，毕竟小青的晴天队打奥琳容易坑自己。
从第零区出来后，先是挨了克拉韦尔的批评，最后5人拿到了大师球。
希洛将自己的所见所闻告诉了白蕾雅，白蕾雅将其记录下来。
麦克倒是和蕾荷搭上关系了，了解了四灾的信息，便亲自去考察，拍照发给魂巫，问会不会不用找柱子就破除封印，魂巫回了能，不过需要准备。
希洛暂时回到合众后，正好是嘉德丽雅挑战塞西尔，嘉德丽雅成功继任四天王，至于为什么不打连武，那肯定输了，毕竟单一格斗属性队，肯定会做好对付超能力属性的对策。
希洛亲眼见证乌栗成功拿下蓝莓联盟冠军。
同时白蕾雅成功让蓝莓学园可以进行太晶化，并改进太晶珠的生产技术，使其能够大规模量产。
小青这个时候作为交换生来，就是蓝之圆盘剧情了。
还是有些部分进行修改，小青没有参与蓝莓联盟挑战，仅仅是玩了一下，没有对蓝莓联盟的制度造成影响。
此时麦克还在帕底亚呆着，暂时由妮莫、派帕、牡丹看管，麦克悄悄的上报安德夫，表示要不要进行四灾捕获行动，要是收服四灾的话，欧雷现在的局势就不太会陷入被动。
安德夫同意了麦克的意见，于是派出一些部队，分别是麦克的摩托化掷弹兵部队、火焰喷射器部队，水流喷射器部队和克劳德的宝可梦部队前去袭击。
铠匠作为火焰喷射器和水流喷射器部队临时队长，魂巫去解封，隐虫作为辅助，一起去捕获四灾。
小主，
欧雷部队来的时候，也慈和辛俐正坐飞机飞去合众，帕底亚联盟正准备调查零之大空洞，让欧雷这一波突袭，以为欧雷军队是拿下四灾和第零区。
在也慈落地后，也慈马上让全部联盟成员去阻止欧雷军队，四灾、帕底亚联盟和欧雷军队开始三方混战。
最后就是后期剧情，即零之大空洞剧情，这里的也慈和辛俐说的有事情抽不开身就是这个，欧雷军队开始进行侵略，于是让合众出一些人去探索零之大空洞。
希洛、丹瑜、乌栗、小青、白蕾雅一起去了，主要是探索大空洞，这段就是剧情，只不过没有乌栗抢的剧情，是尝试太晶化时太乐巴戈斯直接暴走，乌栗很给力的，且白蕾雅也派出了宝可梦。
y正好就是N之城的事情（黑白一周目的收尾剧情），道馆馆主、四天王和冠军也齐聚一起，打算阻止等离子队。