不久后，五百日本浪人冲入涧内烧杀抢掠，马尼拉城的大炮也轰击涧内，还留在涧内的华人都是富裕户，不愿意冒险参加起义，但还是被日本人的烈火和刀剑全数杀死。

10月6日，黄达带领的人和众多的华人汇合后，发动了对马尼拉城的进攻。华人们冒着炮火彻夜进攻，但因守城西班牙人有火炮火枪，马尼拉王城被华人们建设得很高大坚固，华人在城下死伤惨重，两天后不得不退守郊外。

西班牙人再次从外岛召集两百多名西班牙，以及两千名邦邦牙土着战士，配合五百名日本町的日本浪人，开始全面反攻。乌合之众的华人这时开始犯不团结的老毛病，内部意见不一，还在基督徒和非基督徒之间、漳州籍和泉州籍之间闹内讧。

华人首领黄达在内讧中被杀。

西班牙人再次攻入比农多，残余的华人基督徒全数被杀，唐人街总管黄康在比农多的家也被土着兵一把火烧掉。黄康的妻子女儿和小儿子事先已经在屋内上吊自杀，她们的遗体悬挂在屋内，和自己的家一起被大火化为乌有。

华人基督徒大约还有100多名躲藏在比农多的圣方济各会教堂内。他们去马尼拉投降西班牙人，却被大炮打了回来，乘战场上一片混乱躲藏到了这里。听到四周的枪声，他们涌出了教堂，跪在教堂前举着十字架向西班牙人乞求宽恕。

宿务土着兵们的长戟短矛丝毫未受十字架阻扰，很快这些华人基督徒就被一一杀死，土着兵还一把火把剩下的那些躲在教堂内的华人基督徒统统烧死了。

此后，华人队伍处于群龙无首的混乱之中，大多数人穿越沼泽区退往八达雁海滩，华人们叫大仑山。西班牙军队追击到那里，在八达雁海滩屠杀了最后一批坚持反抗的华人。华人们在海边背靠大海抵抗到底，无一人向敌人求饶。

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马尼拉大主教给西班牙皇家的报告中记载了余下华人起义者的结局：

阿兹奎塔少校的邦邦牙土着步兵部队，赶上了另一队混乱的华人逃亡队伍，在通多教堂附近将他们集体屠杀了。