华人把当时西班牙人称为“干系腊人”，因为这群白人殖民者自称来自“卡斯蒂尼亚”---，西班牙帝国在伊比利亚半岛上的中心地区。在华人眼中，这些干系腊人都是贪得无厌的家伙。而作为天主教徒的西班牙人，特别是那些天主教传教士，对不信仰天主的中国商民非常反感。

马尼拉的萨拉扎主教在1588年6月写给国王的信中就提到：

“太多的中国人来到这里，各个岛屿上到处都是他们，给土人带来了很大的破坏。中国人是很邪恶的，与他们打交道没有好处，只有坏处。”

1593年访问菲律宾的神父奥特加在给腓力二世的报告中也提到：

“中国人多数是崇拜偶像的非上帝子民，让他们与刚刚信教的南洋人、本地土人和其它人种混居一处的坏处很大，造成很多亵渎上帝的行为。”

西班牙人无法用上帝忽悠那些信仰临时抱佛脚的大明人，甚至当时西班牙人的宗教理论很多都自我矛盾。

当时，华人在菲律宾群岛做生意和经营各种店铺已经有几百年历史，当地土着和西班牙人日常生活所需以及各种商品，都要靠生理人供应，而华人早就以自己的勤奋掌握了整个菲律宾群岛范围内的贸易供应链，西拔牙人在新开辟的菲律宾殖民地想要立足下去，不得不依靠华人。

中、西双方文化上的差异，加上马尼拉华人人数不断增加，在17世纪初马尼拉常住华人达到余，而西班牙殖民者在整个菲律宾还不足1000人。当地土着他加禄人被双方忽略了，西班牙人只对华人此产生了很大的危机感，开始想方设法压制华人：给华人强加人头税，比土着多好几倍，还限定华人的人身自由—虽然马尼拉的王城全靠了华人工匠才建起来，但华人不许住进城内，只能在王城以南巴石河边一片平原上划区居住，这地方就叫涧内，也叫巴里安。整个唐人街--涧内区都在马尼拉王城城头的大炮射程之内。

马尼拉总督达戈麦斯强征二百五十名华人浆手，但是西班牙人把华人当成奴隶使用，苦役他们，动不动加以鞭打或刺杀，《敬和堂集》记载，“番酋（指戈麦斯）暴虐，要我商人日夜撑架，不胜苦楚。及至撑架不齐，即将郑玉廷一枪戮死，又将一人串起桅头，乱箭射死，高肖等一十三人跳水淹死......”由于船上的华人桨手被西班牙人肆意屠杀，不堪折磨的华人密谋曰“叛死，棰死，等死耳，否亦且战死，曷若刺杀此酋以救死？胜则扬帆归，不胜而见缚，死未晚也。”（见《明史·吕宋传》）

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十月二十五日，以潘和五为首的华人船员决定发动起义。将马尼拉总督戈麦斯杀死。潘和五等华人雇佣兵因不满西班牙士兵对他们的暴虐，近百名西班牙士兵也被华人们一同杀死，潘和五带着二百五十人抢走了西班牙旗舰，分别逃到了越南和中国老家。

西班牙人从此变得不再信任华人，中西双方的矛盾不断加深。

后来万历皇帝派人到马尼拉附近寻金，这一行动引起了西班牙人的恐慌，西班牙人在马尼拉只有一千来人，可是华人在马尼拉足有三万人。一旦万历皇帝有夺取马尼拉的想法，西班牙根本无力反抗。

而且由于西班牙人对华人残暴统治，收取重税等行为，已经引起华人严重不满。

西班牙人认定如果万历皇帝一旦派兵，这些华人必然反叛。

因此西班牙人在中国官员离境后，便立即开始加固城墙，强化马尼拉城的防御，并以将要征讨南边的摩洛人为名，高价收购华人切肉刀具以及各种铁器，打算使华人“无复寸铁”。

八月的一天，涧内唐人街冲进来大批的西班牙士兵、还有马尼拉日本人町的倭人武士和邦邦牙土着，以收缴金属器具为名，大肆洗劫了一些商铺，杀死了几名潮州商人。