到了大明时期，后世的各类专家们估计，台湾岛上大约住着十万左右的土着居民，他们过着原始部落生活，散居于全岛三万六千平方公里的土地上。

明朝中期以后民间对台湾的称呼很多，如“鸡笼”（指台湾北部）、“北港”（即魍港，台湾西部沿海的通称）、“大员”、“台员”、“台窝湾”（指今台南安平地区附近），官方称为“东番”，万历年间，大明官方开始启用“台湾”这一名称。

虽然历代大陆朝廷对台湾的管理属于松散型，但也并不是完全放任不管。宋代由于海上贸易有了进一步发展，所以大陆与台湾的接触多了起来，到南宋时，政府还派兵屯戍于澎湖，管理台湾。

元代则设立了澎湖巡检司，这时到台湾移民的百姓又有所增多。

到了明代时，明朝初期仍设澎湖巡检司，直至洪武二十年，因实施海禁而废除，并把居民迁到漳州、泉州一带。嘉靖四十二年，因为考量沿海治安等因素，复设澎湖巡检司。

不过总体而言，由于大明此前实行海禁政策，没有对台湾进行有效管理，使这里成为一些海盗走私集团的避风港和活动基地，其中比较有名的就有林道乾、林凤，原历史上还将有后来的李旦、郑芝龙这对义父子。

高琦在闽海击败的，就是林凤争夺吕宋失败后的余部主力以及海盗联盟。

哦，其实台湾现在在欧洲人那边也有另一个名字，叫做“福尔摩沙”。这还是嘉靖二十二年的旧事，当时葡萄牙人在开船去日本的路上，偶然经过台湾海峡，意外发现了一座美丽的岛屿，他们就将这座美丽的岛屿称为“福尔摩沙”（Formosa），“福尔摩沙”就是“美丽之岛”的意思。

不过，葡萄牙人虽然发现了“美丽之岛”，却并未占领这座岛屿——葡萄牙人口有限，台湾岛上的原住民也很少，对于他们而言，其实没有什么价值。

随后的历史，如果高务实这只小蝴蝶不出现的话，就应该是荷兰人取代葡萄牙、西班牙成为新的海上霸主。

然后荷兰人会在巴达维亚城(现雅加达)建立“东印度公司”，负责管理东南亚一带的殖民地。到了大明天启四年(1624年)时，荷兰人将派出部分人侵入台湾岛，并在岛上修筑了热兰遮堡(明人称其为台湾城，位置在后世的安平)，第二年，荷兰人又在热兰遮堡对面的赤嵌山上修筑了普罗文查堡(明人称其为赤嵌城，位置在后世的台南)。荷兰人由此开始了对台湾的殖民统治。

此地原本是东方海盗走私集团避风港，忽然被荷兰人占领，这当然直接影响了彼时在大明东南沿海进行贸易的郑芝龙集团的利益。不过那时候，郑芝龙虽与荷兰人有过交涉，但后因忙于抗清和降清问题，便无暇顾忌了。所以，在鞑清与南明势力争斗的过程中，荷兰人在台湾稳稳地驻扎了38年之久。

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