他疾书回闽，希望父亲批准他投笔从戎，“只想杀敌报国，夺回东三省”。来不及等到父亲回信，就毅然从师范大学退学。

就这样，他就报名参加了中央航空军官学校，并顺利成为第11期的学员。1941年初，包括吴其耀在内的81名学员，成功从中央航校毕业。

经过简单整训后，他被分配到了蓉城的凤凰机场，被编入“轰炸驱逐总队”。1941年可以说是，华国空军最艰难困苦的一年。

6月22日，凤凰山在毫无防备下，遭到了日军57架战机的狂轰滥炸。可此时，机场的战机还不具备与敌作战的能力，为了减少损失只能先转移规避。

吴其耀只好奉命，驾驶着无战斗力的教练机撤退。刚起飞不久，4架日军神风战机便迎面而来。吴其耀的飞机因为没有战斗力，成了这些日机的靶子。

虽然已经努力规避了，但飞机还是不幸被击中，只能迫降。不幸中的万幸，飞机掉落到了水中。万幸，吴其耀背靠的金属座椅救了他一命。

四颗子弹穿过靠椅打进了他的屁股里，不过没伤及要害。可飞机却扣在水中，形势很是危急。更可恶的是，日机担心华国飞行员没死，又一个俯冲下来扔下了一串炸弹。

这下直接引燃了飞机的发动机，火势一下子就窜了起来，飞机直接被烧得通红，连附近的江水都很烫。在这个紧急时刻，受伤的他已经在水中昏迷了过去。

是老乡们划着船，将落水的吴其耀救了上来。为了救他，这些老乡都不同程度的被烫伤了。这份恩情，也是他一辈子都忘不掉。

虽然大难不死，但吴其耀还是因为失血过多，再加上水中的浸泡，造成了终身的腿疾。而就在他在坠机后，他所在的第五大队接连遭遇惨败。

大队长、副队长在内的8名飞行员先后牺牲。老蒋震怒下，将第五大队的番号取消，改名成了“无名大队”。每个队员必须佩戴“耻”字臂章。这个也是包括他在内，很多热血军人绝对没办法接受的事。